整個沼液施肥機系統分成五個部分:水處理系統；肥水轉運與儲存系統；配肥系統；施肥控制系統；澆灌控制系統。

在有機循環生產過程中，全自動的智能水肥一體機處于重要地位，是項目成敗的關鍵。與傳統的水肥一體化不同的是，本項目配套的水肥一體化需要做特殊設計，能夠在有機肥料的基礎上，補充有機肥料缺乏的元素，平衡營養元素之間的關系，提供作物所需要的種植肥料。

因為沼液液體有機肥料的特殊性，本項目配套的過濾系統，應該包括砂石過濾、碟片過濾、離心過濾、紫外消毒、活性氯元素滅菌幾大功能，方才可以將畜牧產生的肥水，應用到水肥一體化系統中去。而微量元素需要從滴灌系統傳輸，而有機肥水容易發生堵塞，因此需要把微量元素的滴灌系統和有機肥水系統分開。

沼液運輸到場地，灌入沼液過濾前池，過濾前池中，使用微孔隔篩進行過濾，過濾完成的清液，進入配肥系統進行配肥處理，而殘渣則使用污水泵抽出，曬干作為底肥，或者稀釋進入防風帶溝槽，作為防風林的肥料。

從沼液前池中抽離出來的沼液,通過妙石過濾器(吸附),疊片過濾,進入配肥罐,每天晚上配置100方的肥水,供第二天灌溉系統使用。

沼液的成分復雜,需要定期檢查土壤成份、沼液成份,制定微量元素的補充方案,施肥機按既定方案,進行配肥,然后通過現有配肥管網,進入到各個溫室中進行澆灌。另外沼液的PH不是特別穩定,可能會偏堿,系統提供調酸功能,把酸調節到規定目標,避免灌溉破壞土壤PH,造成燒苗現象。

肥水澆灌完畢,需要幾分鐘灌溉凈水進行管道沖洗。